Bakterioplankton
Das Bakterioplankton stellt eine dritte Gruppe der Planktonorganismen dar, die bei Untersuchungen häufig ignoriert wird. Bakterioplankton ist jedoch Bestandteil sehr intensiver Stoffumsatzprozesse im Freiwasser, dem so genannten „Microbial Loop„. Dabei werden organische Substanzen, die von den Algen an das Wasser abgegeben werden, aber auch abgestorbene Organismen, aufgenommen und in Bakterienbiomasse gebunden oder mineralisiert. Die Bakterienbiomasse stellt in Ergänzung des Phytoplanktons eine wichtige Nahrungsgrundlage des Zooplanktons dar. Insbesondere bei schwer fressbaren großen Algenkolonien, läuft der Energie- und Stofftransfer hauptsächlich indirekt über die Exsudate der Algen und die Bakterien.
Bakterien und Pilze können teilweise bei der Phytoplanktonanalyse mit erfasst werden. Insbesondere eisen- und manganoxidierende Bakterien sowie bestimmte planktische Pilze bilden größere typische Kolonieformen, die leicht erkennbar sind und sich in einer Sedimentationskammer zuverlässig absetzen.
„Normale“ Bakterien von ein bis zwei Mikrometern Länge sind jedoch zu klein, als dass sie zuverlässig gleichmäßig sedimentieren und gemeinsam mit dem Phytoplankton gezählt werden könnten. Hier bietet sich die Methode der Fluoreszenzmikroskopie an. Dazu werden kleine Probenmengen über einen Membranfilter eingeengt. Die zuvor angefärbten Bakterien bleiben auf der Oberfläche zurück und können bei starker Vergrößerung anhand der Farbe (z.B. Acridinorange) oder der Fluorezenz (DAPI) erkannt und gezählt werden.
Bakterienproben sind Schöpfproben von ca. 30 ml Volumen, die mit Glutaraldehyd fixiert werden und anschließend lange haltbar sind. Die Färbung und Filtration erfolgt in der Regel erst kurz vor der mikroskopischen Bearbeitung.
